Ogromną rolę w oczkach wodnych odgrywa rozkład substancji organicznych, między innymi obumarłych fragmentów roślin, opadłych liści, pokarmu dla ryb, martwych ślimaków czy ryb. Aby rozkład biomasy mógł się odbywać prawidłowo, potrzebny jest tlen, który wykorzystują bakterie. Przy pH wody powyżej 7 zawartość nietrujących jonów amonowych NH4 zmniejsza się i tworzy się trujący amoniak NH3. Następnie amoniak przekształcany jest w azotyny NO2 przy udziale bakterii z rodzaju Nitrosomonas. A bakterie z rodzaju Nitrobacter przekształcają azotyny w azotany NO3. Do wszystkich tych procesów niezbędny jest tlen. Kiedy w stawie jest wysokie stężenie azotanów i dodatkowo występują wysokie wartości fosforanów PO4, wówczas rozmnażają się glony. Dlatego tak ważny jest rozkład azotu, ponieważ tylko prawidłowy zapewnia przyjazne środowisko dla ryb i roślin w stawie.
