Staw można również oczyścić, korzystając z łagodniejszych sposobów. Do takich z całą pewnością należy biologiczne oczyszczanie, chroniące żyjące w stawie organizmy.
Kultury różnych szczepów bakterii również mogą zredukować warstwę szlamu na dnie zbiornika, rozkładając go na składniki służące mikroorganizmom za pożywienie.
Niektóre szczepy bakterii powodują zmniejszenie poziomu azotynów, azotanów oraz amoniaku, co z kolei ma wpływ na zmniejszony rozwój alg.
